為甚麼免疫性的疾病是個人化醫療的首選?主要基於兩個理由，首先是免疫性疾病成為現代人健康最大的威脅，新英格蘭醫學雜誌對於各種疾病罹患率的調查發現，從1950年代起像是A型肝炎、麻疹、腮腺炎等感染性疾病逐漸下降，但是像是過敏性氣喘、第一型糖尿病、自體免疫性疾病如多發性硬化症卻呈直線上升，所以免疫性疾病的治療有最迫切的需求。其次是免疫性疾病也是屬於慢性病，目前的治療只有症狀控制，無法根本改善免疫細統的問題。因為我是免疫風濕科的醫師，門診有很多過敏或自體免疫的病人，過敏病人只有抗組織胺和類固醇可以用，自體免疫病人只能開類固醇和免疫抑制劑。這些藥只能壓制症狀，所以有吃藥症狀會減輕，沒吃藥又會復發。不幸的是，這些藥的副作用都很強，根本不適合長期使用。所以病人常常問我：「許教授，健保卡已經蓋20格了，怎麼病都還沒好。」事實上如果持續用這些化學藥，病根本就不會好。這種治療不只病人不滿意，連醫生也不能滿意，促使我積極尋求其他的方法。
要解決免疫疾病苦無治療方法的窘境，首先要了解免疫性疾病。免疫系統生病，可大致區分成2類，免疫反應太強以及免疫反應低下。如果是免疫反應太強，是針對外來的抗原，就是過敏；針對自己體內的抗原，就是自體免疫。如果免疫反應低下，無法清除外來的病源，就會造成嚴重的感染；無法清除體內突變的細胞，就是癌症。免疫系統就像一把兩面刃的劍，過猶不及，都會產生疾病。免疫系統必須處於平衡的狀態，身體才不會生病。這種現象正符合中醫所講究的陰陽平衡。
了解免疫系統平衡才不會生病，接下來要問的問題是用甚麼東西來調節免疫系統？目前還沒有任何小分子化學藥能調節免疫系統，因此我提出用微生物來調節免疫系統。為甚麼微生物是最好的免疫調節劑？因為免疫力最基本的定義就是「辨別敵我」的能力。也就是說，免疫系統辨識到不屬於自身的抗原，就會被啟動活化，並且加以攻擊。而細菌或真菌的抗原像是胜肽聚醣或是葡聚醣，是人體裡面沒有的物質，當免疫系統接觸到這些抗原一定會產生反應。這是因為在演化的過程中，細菌與人的親源關係是很遠的，從演化歷史來看，如果人類出現在地球上是24小時以前的事，恐龍就是五天前，而細菌卻在100天前就出現了。這也就是為甚麼我們會對微生物產生很大免疫反應的原因。所以我在2001年起就大力推動使用口服細菌療法(oral bacteria therapy)來治療免疫性疾病。
使用細菌來治療疾病，在過去醫學史上就有記載，1930年代在哈佛醫學院就用細菌療法來治療癌症。哈佛的教授們發現如果故意將細菌打到癌症病人體內，病人會產生敗血症，引起強烈的免疫反應，如果病人幸運沒有死於敗血症，腫瘤也會消失。現在我們知道因為免疫系統會產生大量的腫瘤壞死因子(tumor necrosis factor)。雖然現在聽起來這種療法有點荒謬，但是在當年這種療法的癌症治癒率是遠高於放射線療法。
致病性越強的細菌對於免疫反應的刺激就越大，效果也最好。像是金黃色葡萄球菌、大腸桿菌會引起劇烈的免疫反應，然而也會引起不良反應，是法規不允許的。因此使用益生菌是最安全的，因為益生菌是屬於格蘭氏陽性菌，也會引起免疫反應，具有調節免疫力的效果。口服大量的益生菌，可以透過刺激腸道的免疫系統，影響全身的免疫系統，因為腸道是身體最大的免疫器官，70%的淋巴球聚集在腸道。
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